纳税人将已经填开的增值税专用发票丢失，应主要依据国税发[2006]156号文件，第二十八条和第二十九条的规定处理。

经提醒，国税发[2006]156号部分条款失效，现行文件为2014年19号公告第三条。

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。

一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

二、纳税人丢失已开具的普通发票处理

纳税人丢失已开具的普通发票，大多是由保管不善造成。未经过税务机关审核同意，发票取得方用开具方提供的复印件、证明等资料不能作为税前扣除凭据。

（1）纳税人丢失已开具的普通发票的发票联，应根据《发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人丢失发票，应于发票丢失当日或次日（节假日顺延）书面报告主管税务机关，并向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废。纳税人丢失发票办理丢失声明的，必须在具有全国报刊号的报纸上刊登。

（2）开具发票一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记账时附上丢失发票的其他联次作为合法入账凭证。

（3）取得发票一方丢失已填开的发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票号码、金额和内容等，由经办单位负责人批准后，才能代作原始凭证。实行电子发票的，由开票方按丢失发票代码、号码查询打印（复印）发票图片，加盖开票方公章作为入账凭证。发票存根联或记账联的复印件只能作为原始凭证的附件，不能直接代作原始凭证。发票复印件经提供原件的单位注明“此件是我单位提供，与原件相符”，加盖公章后，方可作为原始凭证。

（4）纳税人将在税务局**的发票联或记账联丢失，可向开具发票的税务机关申请出具曾于X年X月X日开具XX发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字轨、发票编码、发票号码等的书面证明，或要求开具发票的税务机关提供所丢失发票的存根联复印件，经主管税务机关审核后，可作为合法凭证入账。

（5）纳税人丢失存根联或记账联的，应取得发票联复印件，发票复印件经提供原件的单位注明“此件是我单位提供，与原件相符”，加盖公章后，方可作为原始凭证。

（6）纳税人丢失普通发票全部联次的，按丢失空白普通发票处理。税务机关对丢失普通发票的纳税人，可以按《发票管理办法》第三十六条“违反发票管理法规的行为包括：（五）未按照规定保管发票的”情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。